Йозеф Шебек родился в Сланах, но свою давнюю мечту играть в театре он должен был начать реализовывать впервые в Моравии, в Североморавском театре в Шумперке, куда он поступил студентом в конце 1950-х годов. Вскоре после этого он отправился в Театр Бескидов в Новом Йичине, где оставался до 1962 года. Он пытался получить профессиональное актерское образование, но Шебек не закончил свое обучение в DAMU в Праге (1962-1965). Следующие шесть сезонов он провел на сцене Южночешского театра в Ческе-Будеёвице (1965-1971), где он появился в ряде спектаклей как отечественного, так и международного репертуара («Виндзорские проказницы», «Святой Иоанн», «Десять черных человечков», «Смерть странствующего путешественника», «Из жизни насекомого»). Из-за плотного графика работы в кино Йозеф Шебек в начале 1970-х годов оставил постоянную работу в театре и временно стал свободным художником. Напротив, несколько лет спустя, когда возможности работать перед камерой сократились, он снова принял постоянную работу в театре, с 1978 года он играл в Восточно-чешском театре в Пардубице, позже в Театре Победоносного Февраля в Градце Кралове (сегодня Театр Клицпера). Йозеф Шебек работает в кино и на телевидении с середины 1960-х годов. Сначала он появился в роли рядового в короткометражном фильме «Каждый молодой человек» (1965), затем последовала похожая роль в криминальном фильме «Убийца прячет лицо» (1966). Йозеф Шебек также носил форму, военную или полицейскую, в ряде других фильмов, что, с другой стороны, привело к его участию в фильмах, часто включавших тенденциозные фильмы нормализации кино. Как уже упоминалось, в начале 1970-х годов его работа для кино и телевидения усилилась, и в 1975 году, например, он снял семь фильмов и дважды был приглашен на совместные проекты с Западной Германией. В середине 1970-х годов Шебек начал работать с режиссёром Йиржи Свободой, который приглашал его в свои фильмы в общей сложности восемь раз («Зеркало для Кристины» (1976); «Цепь» (1981); «Встреча с тенями» (1982); «Конец одиночества Берхоф» (1983); «Скальпель, пожалуйста» (1985)). Единственная главная роль Шебека также была связана с его сотрудничеством со «Свободой»: он сыграл дизайнера Вондрака в фильме «Дом на Поричи» (1976), драматической истории из эпохи Первой Республики, вдохновленной реальными событиями 1928 года.