Анри Волохонский родился 19 марта 1936 года в Ленинграде. Окончил Ленинградский химико-фармацевтический институт, аспирантуру Института озёрного рыбного хозяйства.
В течение двадцати четырёх лет работал в различных областях химии и экологии, автор научных трудов в этой области. Участвовал в экспедициях на океанах, морях и озёрах. На основании термодинамического (энтропийного) анализа предложил выражение для расчёта энергетической меры обеспеченности фитопланктона одним из элементов минерального питания.
В конце 1950-х начал писать стихи, песни и пьесы; публиковался в самиздате (начиная с машинописных книг середины 1960-х, выпускавшихся Владимиром Эрлем).
Только одно стихотворение было опубликовано в СССР — басня «Кентавр» в журнале «Аврора» в 1972 году.
В конце 1973 года Волохонский получил разрешение на выезд в Израиль, где жил с 31 декабря 1973 года. В Израиле работал на лимнологической станции на озере Кинерет, по результатам полевых исследований опубликовал научные труды. Осенью 1985 переселился в Мюнхен, где до августа 1995 года работал редактором отдела новостей «Радио Свобода», после чего переселился в Тюбинген. С 2004 года жил в городе Хорб, в городском районе Рексинген.
Анри Волохонский умер в ночь на 8 апреля 2017 года, во сне, на 82-м году жизни