Заслуженный артист Украины, лауреат Государственной премии СССР. Окончил Симферопольское музыкальное училище имени П.И. Чайковского. В 1956 году окончил Школу-студию при Крымском академическом русском театре имени М. Горького и был принят в труппу этого театра. В 1959 году перешел в Музыкально-драматический театр имени М. Горького (Горьковская область, г. Арзамас-16), где проработал до 1964 года. Сезон 1964-1965 гг. играл на сцене Театра имени М. Горького (г. Свердловск-44). В 1965 году вернулся в Симферополь – в труппу Крымского академического театра драмы имени М. Горького, где и проработал более 30 лет, сыграв множество разноплановых ролей в современном и классическом репертуаре. Здесь он был удостоен почетного звания «Заслуженный артист Украины», а в 1977 году за исполнение роли Рябинина в спектакле «Они были актерами» получил Государственную премию СССР. С 1981 по 1985 и с 1996 по 2000 годы преподавал сценическую речь в Крымском театральном училище при Академическом театре имени Горького. На Крымском телевидении принимал участие во многих литературно-театральных программах, снимался в телеспектаклях, работал на радио. В 1999 году, уже зрелым мастером, имеющим богатый сценический опыт, пришел в Российский государственный академический театр драмы им. А.С. Пушкина. Сегодня Евгений Капитонов востребован, прежде всего, как комедийный, острохарактерный актер. Его охотно занимают в своих постановках многие режиссеры, сотрудничающие с Александринским театром. В 2007 году принимал участие в спектакле-концерте "Маскарад" по драме М.Ю. Лермонтова на музыку А.К. Глазунова, поставленном в Академической капелле Санкт-Петербурга (режиссер И. Селин, музыкальный руководитель постановки В. Чернушенко).