Геннадий Худяков родился в Ленинграде, где учился в школах № 96 и № 100 Выборгского района. Как и большинство советских школьников, состоял в детской пионерской организации. В 1953 году снялся в эпизоде в фильме «Алёша Птицын вырабатывает характер» и попал в картотеку «Ленфильма». Наиболее известен по главной роли Женьки в фильме «Старик Хоттабыч» (1956). Однако, несмотря на известность, его кинокарьера в дальнейшем не сложилась. Окончил Ленинградский электротехнический институт и работал научным сотрудником во Всесоюзном научно-исследовательском институте телевидения (сейчас ОАО «НИИТ»). После выхода на пенсию в 2003 году организовал и возглавил межрегиональную общественную ассоциацию ветеранов «Покаяние», которая помогала ветеранам войны.