Родился 9 февраля 1973 года в префектуре Нагано. Позже переехал для учёбы в Токио, где и остался работать в качестве сотрудника компании Minori. За 5 лет работы там Синкай проявил себя как очень разносторонняя личность: участвовал в создании новых игровых видеозаставок, занимался вёрсткой буклетов-инструкции и поддержкой сайта компании. С 1997 года начинает пробовать себя в качестве режиссёра и сценариста в собственных проектах. Уже третья его работа «Она и её кот» (до этого были «Огороженный мир», который Синкай создал, изучая 3D-графику, и «Другие миры») становится настолько успешной, что заинтересовывает компанию CoMix Wave Films, которая выпускает тираж дисков с пятиминутным фильмом и буклетом комментариев. Произведение завоёвывает несколько престижных наград, среди которых главный приз фестиваля 2000 DoGA CG Animation.