В 1954 году начала карьеру на радио Реде-Тупи. Вскоре перешла на телевидение. Снималась в теленовеллах, благодаря чему знакома и российскому зрителю. Иона была замужем за продюсером Луисом Аугушту Мендесом, от этого брака есть сын — Маркус Мендес. После рождения сына переехала из Рио-де-Жанейро в Баии (штат Сальвадор), продолжила работать. В 1964 году сыграла роль Росы в фильме «Бог и дьявол на земле Солнце» режиссёра Глаубера Роша.
В театре работала с различными бразильскими авторами: Висенте Перейра, Нелсон Родригеш, Плиний Маркус, Гильерме Фигейреду, Мигель Фалабелла, Педру Блох, Алсиони Араужо и Карлуш Е. Невис. Тем не менее, Магальяес больше работала на телевидении, принимая участие в телепроектах.
В 1964 году, по возвращении на киностудию, получила приглашение от актрисы Наталии Тимберг на работу в спектакле Свадебное платье, режиссёра Нельсона Родригеша (постановка в Муниципальном театре). Также участвовала в постановках «Террор и страдания в Третьем рейхе», режиссёра Бертольта Брехта и «Физики» Фридриха Дюрренматта.
Популярность пришла к актрисе в марте 1966 года после приглашения в сериал Я покупаю эту женщину (1966), по сценарию Глории Магадан, основанному на романе «Граф Монте-Кристо» Александра Дюма-старшего, где сыграла в паре с актёром Карлушом Альберту. Актриса также играла роли в других сериалах по сценариям Глории Магадан: Шейх Агадир (1966), с Лейлой Диниз и Мариетой Северо; Тень Ребекки (1967), Запретный человек (1968), Кошка в норке (1968/1969) с Тарсисиу Мейра и Жеральду дель Рэем и Мост вздохов (1969). Иона Магальяес и Carlos Alberto создали самый известный дуэт бразильского телевидения. После успеха в теленовеле «Роке Сантейро» (1985—1986) 49-летняя актриса снялась обнажённой для журнала «Плейбой».
В 1990—1991 годах Иона Магальяеш сыграла в сериале Моя любовь, моя печаль в роли Валентины Вентурини. В сериале Новая жертва 1995 года она сыграла роль Кармелы (Кака) Феррету ди Васконселуш, заслужив известность в России.
В 1999 году сыграла роль Бибианы в сериале Тихие страсти Магдалены.
В 2004—2005 годах сыграла роль Флавианы в сериале Хозяйка судьбы по мотивам нашумевшего романа Агиналду Силвы.
В дальнейшем играла в сериалах Тропический рай, в роли Вержинии, Дневник соблазнителя, Колыбель кота, Пощечины и поцелуй — в роли Леды.
Последнюю роль (Глория Паиш) она сыграла в сериале Хорошая кровь 2013 года по роману Марии Аделаиды Амарал и Винсента Виллари.
Иона Магальяес скончалась утром в 10:05 20 октября 2015 года в Рио-де-Жанейро. До этого она была госпитализирована 18 сентября из дома престарелых в Санта-Иосифе. Она находилась в реанимации больницы Гавеа в Южном Рио из-за проблем с сердцем. Была проведена хирургическая операция, но сердце актрисы её не выдержало. Похоронная служба состоялись на кладбище Карму Мемориал (Рио-де-Жанейро), тело было кремировано там же в 13:30.